A szabadságharcosok 1849 márciusa végére, áprilisa elejére Erdélyt felszabadították a megszállóktól, a magyarországi katonák is május végére egészen az osztrák határig jutottak, azzal a lendülettel mehettek volna tovább, de nem tették, mert az 1849. április 14-i nyilatkozat szellemében független államként nem támadtak másik független államra.
A magyar szabadságharc győzedelmeskedett, de az orosz–osztrák összefogás veszélye továbbra is fenyegetett. A magyar győzelmek láttán az ifjú császár, a 19 éves Ferenc József május 21-én Varsóba sietett, ahol könyörgő, hívó szavakkal fordult I. Miklós orosz cárhoz segítségnyújtásért. Ott egyeztek meg abban, hogy a cár 200 000 katonával egy napon vonul át a Kárpátok szorosain, hágóin, csatlakoznak hozzájuk az osztrák katonák is, és egyszerre támadnak a magyar szabadságért harcoló katonákra. Kezdési időpontnak június 17-ét jelölték meg. Ekkor az Északi-Keleti-Déli-Kárpátokban egymást követően szólaltak meg az orosz ágyúk, s majd nagy tömegben vonultak be a katonák.
A Székelyföldön a kökösi hídnál június 23-án került sor az első ütközetre, amelyet követően a háromszéki és csíki katonáknak vissza kellett vonulniuk egészen a Tusnádi-szorosig. Itt és a Nyerges-tetőn újból tábort ütöttek, július 2-re már megerősített csapatokkal ismét Kökös közelében találhatták őket. Az orosz–osztrák katonák most még nagyobb erővel támadtak rájuk, a csatában Gábor Áron is életét vesztette, majd július 5-én Sepsiszentgyörgy határában folytatódtak a harcok.
Védekezés közben a városért sok katona áldozta életét, de végül is a túlerő győzedelmeskedett, a bevonuló katonák szabad rablásra kaptak engedélyt, így kegyetlenül fosztogattak, pusztították, amit találtak.
Újabb fordulat akkor következett a székely szabadságharcban, amikor Bem altábornagy július 13-án az oroszok betörésének hírére Csíkba érkezett. Újjászervezte a haderőt, és július 17-én már átvonult a Kászonok-völgyén és 18-án Eresztevénynél tábort ütött. Időközben serege egyik részét Moldva felé irányította, 20-án visszafoglalta Sepsiszentgyörgyöt, hogy aztán 21-én maga is a serege után induljon Moldvába. Azzal a reménnyel sietett, hogy az ottani románokat seregébe hívja, együttesen támadnak az oroszokra, a Székelyföldön tartózkodók is kénytelenek lesznek visszatérni. Nem így történt. Július 25-én Bem már átjött a határon, Bereckben találkozott Petőfi Sándorral, aki újabb híreket hozott az oroszok támadásairól, együtt érkeztek Sepsiszentgyörgyre, majd indultak Marosvásárhelyre. A segesvári csata következett, ahol Petőfi Sándor is hősi halált halt. Az orosz és osztrák csapatok minden irányból előretörtek, augusztus 13-án a szabadságharcosok kénytelenek voltak letenni a fegyvert, majd kevés idő után az orosz katonák hazatértek. Az osztrák császár kérésére az orosz csapatok Háromszéken és Csíkban továbbra is maradtak. Itt tartózkodtak egészen november 10-ig, s ezalatt a lakosságnak kellett gondoskodnia élelmezésükről, elszállásolásukról, gyakran szállításaik lebonyolításáról. Hetente, naponta újabb és újabb követelményekkel álltak elő, kifogyott már minden élelemtartalék, az állatok jelentős része is elpusztult, egy-egy falu lakossága már azt fontolgatta, hogy teljes létszámmal elköltözik más vidékre. Kevésbé ismerjük a szabadságharc azon részét, amikor az orosz csapatok már korábban is betörtek Erdélybe. Az történt, hogy a háromszéki székelyek harci készültségét és ellenállási sikereit látva a brassói szászok, hozzájuk csatlakozva a szebeniek is, és ªagunapüspök vezetésével az erdélyi románok, attól való félelmükben, hogy a székelyek megtámadják és visszafoglalják a két nagyvárost, egyre többször kérik a Moldvában és Havaselvén tartózkodó orosz katonák vezérét, Lüders tábornokot, hogy vonuljon be Erdélybe, védje meg őket a székelyek esetleges támadásától. A sorozatos sürgetés hatására Lüders tábornok 1849. január 27-én kiadta a parancsot: az orosz katonák Erdélybe vonuljanak!
Engelhardt tábornok január 31-én a Törcsvári-szoroson átlépte a magyar határt, katonáit Brassóba vezette, ahol a szászok február 1-jén már ünnepélyesen köszöntötték.
A csíki és háromszéki székelyek ugyanekkor Sepsiszentgyörgyön és Uzonban Bem tábornok hívására táborba gyűltek. Az történt, hogy az erdélyi hadsereg főparancsnokának kinevezett Bem tábornok rövid idő alatt átszervezte a hadsereget, gyors támadásokkal visszafoglalta Kolozsvárt, január 13-án már a székelyeket arra kérte, hogy Gál Sándor vezetésével siessenek segítségére, hogy Szebent s azután Brassót is visszafoglalják. E feladat teljesítésére indultak Barcaszentpéter irányába, de útközben orosz–osztrák–román katonák támadtak rájuk. A katonák döntő részének, Gábor Áron ágyúi mellett harcoló diák-tüzéreknek is ez az ütközet volt az első tűzpróbájuk. A mintegy 6 órán át tartó küzdelem után estére az oroszok Brassó felé vonultak vissza, a székelyek pedig az Olt jobb oldalán, Aldoboly mellett álltak újabb csatasorba, de mivel a csata tovább nem folyatódott, Aldobolyban és Illyefalván éjjeli szállást találtak.
Gál Sándor február 5-én megírta hadijelentését, összefoglalta a lezajlott csata történetét, és közölte, hogy seregében 6-an meghaltak és 15-en megsebesültek, az ellenség 14 halottal és 17 sebesülttel számolt. Az oroszok jelentésükben 150 székely halottról és sebesültről írtak. A székely katonák eredeti tervüknek megfelelően útjukat tovább nem folytathatták, meg kellett erősíteni Sepsiszentgyörgy védelmét, de utána már 10-én elindulhattak, hogy 19-re Medgyesre érkezzenek, s ott Bem tábornok átvegye a katonákat, Gál Sándor pedig hazatérjen újabb sereg toborzásáért. Kemény harcok következtek, különböző helyeken kellett helytállnia az erdélyi hadseregnek, egy-egy csatában számos katonának kellett feláldoznia életét, Bem tábornok is kezére megsebesült, de a kitartó, fegyelmezett, bátor sereg március 11-én visszafoglalta Nagyszebent, az orosz–osztrák csapatok menekültek, maga Puchner is a magyar határon túl keresett menedéket. Bem tábornokot ekkor léptették elő altábornaggyá. A harcok továbbfolytak, az erdélyi sereg Brassó irányába vonult előre, február 20-án innen is kiűzték az ellenséget.
Czetz János így emlékezett a városba érkezésükre: „A bevonulást érthető izgalommal vártam, mert Édesanyám, akit kerek négy esztendeje nem láttam, Brassóban lakott. Bem ezt jól tudta, s a kemény katona lelki finomságának újabb tanújelét adta, amikor hozzám fordult: »Ön nagy segítségemre volt Erdély visszafoglalásában, méltányos tehát, hogy diadalmas csapatunk élén meneteljen Édesanyja előtt, aki Önt már négy éve várja«.” E bevonulást követően Bem altábornagy Brassóban fogalmazta meg híres felszólítását, amelyet e szavakkal fejezett be: „Magyarok, szászok és oláhok, nyújtsatok egymásnak testvérileg kezet, távoztassatok el minden nemzeti gyűlölködést, és boldogok lesztek.”
A háromszékiek megkülönböztetett tisztelettel és szeretettel ragaszkodtak hozzá. Küldöttség kereste fel Brassóban, s a köszöntés során arra kérték, látogasson el Sepsiszentgyörgyre, amit az altábornagy meg is ígért.
Március 25-én Kökös határában éljenző, éneklő, zenélő tömeg várta a felszabadító vezért. Németh László, Háromszék kormánybiztosa fogadta. „Az egybesereglett székelység, nő, férfi, gyermek és öreg hosszú sorban, a fiatalság lóháton, nemzeti lobogókkal s dzsidákkal, s a szekerek tábora várt reája. Zene, ezer ajk éljenzése köszönté. A nemzetőrség őrnagya beszédet tartott hozzá; kocsiját virággal halmozták el, s örömkönnyekben ragyogó arcok áldása kísérte útján Sepsiszentgyörgyre, Háromszék fővárosába.”
Útközben Kökösben, Szotyorban, Kilyénben, Szentgyörgyön még a megmaradt harangokat is megszólaltatták a megbecsült hadvezér tiszteletére. A győztesnek, felszabadítónak kijáró nagyrabecsüléssel fogadták a szék házában is.
Horváth Albert, a királybíró köszöntötte, szentgyörgyi lányok ragyogó szemekkel, tisztelgő szavakkal virágkoszorút adtak át. Kővári László a továbbiakban leírta az ünneplést: „Háromszék hölgykoszorúja köszönté, vérpiros rózsát tűztek rendjelei mellé, jobbkezének ujja kötelékét hímzett nemzeti szalaggal cserélték fel, az egész asztalnál úrhölgyek szolgáltak fel neki, a legjobb kezek pótolták a jobb kéz hiányát… Bem, a mogorva öreg harcos melegségig nyájas lőn, mindenki számára volt bókja, s az egésztől azzal vált el, hogy a székelyt, melyet hősiességéért eddig becsült, ma szeretni tanulta, s hogy e vala életének legszebb napja.” A székelyek a kiváló, rendíthetetlen vezért, az őszinte, küzdeni tudó, igazságot kereső, minden nép szabadságát akaró embert tisztelték benne. Lengyel volt, magyarul néhány szót tanult meg az állandó harcok idején, németül is hibásan ejtette a szavakat, hangokat, de katonái megértették, megérezték, a lakosság is, hogy igaz és tehetséges hadvezér állt a szabadságharc élére, aki a nemzetet segíti törekvéseiben.
E megbecsülésnek a legnagyobb bizonyítéka, hogy APÓnak, BEM APÓnak nevezték, ami a legnagyobb kitüntetést jelentette.
Sepsiszentgyörgyön ekkor mindössze egy órát töltött, újabb háborús feladatok elvégzésére indult, július 20-án felszabadította a várost az orosz megszállóktól, 25-én Petőfi Sándorral együtt látogatták meg a katonákat, majd indultak Marosvásárhelyre.
„…Mindent megtettünk, amit
Kivánt a becsület…
Tízannyi volt az ellen,
Győznünk nem lehetett.
Szerencse és az isten
Tőlünk elpártola,
Egy pártfogó maradt csak
Velünk: ez Bem vala.
Oh Bem, vitéz vezérem,
Dicső tábornokom!
Lelked nagyságát könnyes
Szemekkel bámulom.
Nincsen szóm elbeszélni
Nagy hősiségedet,
Csak néma áhitattal
Szemléllek tégedet,
…
S nekem jutott a vészes
Dicsőség, hogy veled
Járjam be, oh vezérem,
A csatatéreket…”
Petőfi Sándor: Négy nap dörgött az ágyu